استفاده از جمعیت بی¬مهرگان کف¬زی از مناسب¬ترین ابزارها برای تعیین سلامت و یکپارچگی زیستی رودخانه¬ها و تأثیر فعالیت¬های انسانی بر کیفیت آنها است. با توجه به اهمیت رودخانه قلعه¬رودخان از نظر گردشگری و رشد جمعیت در حاشیه آن، از شاخص¬های زیستی برای ارزیابی وضعیت رودخانه استفاده شد. نمونه¬برداری با استفاده از سوربر سمپلر (چشمه ۳۰۰ میکرون و مساحت ۹۰۰ سانتی¬متر مربع) در ۵ ایستگاه با ۳ تکرار از اردیبهشت تا آذر ۱۳۹۶ انجام شد. نمونه¬ها در اتانول ۹۶ درصد فیکس و به آزمایشگاه انتقال داده شده و شناسایی شدند. فراوانی کل، شاخص EPT، غنای EPT، درصد EPT و نسبت EPT/Chiro محاسبه شد. تعداد ۵۱۳۴ نمونه از ۳۵ جنس، ۳۰ خانواده، ۱۰ راسته، ۴ رده و ۳ شاخه شناسایی شد. بالاترین غنای EPT در ایستگاه ۴ در اردیبهشت¬ماه (۶۰۷ عدد بر مترمربع) و پایین¬ترین آن در ایستگاه ۵ در مهرماه (۷ عدد بر مترمربع) مشاهده شد. حضور گونه¬های حساس به آلودگی از جمله Epeorus sp.، Rithrogena sp.، Rhyacophila sp.، Isopela sp.، Gomphus sp.، Cordulegaster sp.، Coenagrion sp.، Oligoneuriella sp.، Heptagenia sp و .Philorus sp نشانگر کیفیت مطلوب آب رودخانه است.
