در این مطالعه، کیفیت آب زیرزمینی آبخوان حوضه گاوخونی برای مصرف در کشاورزی مورد بررسی قرارگرفت. برای این منظور از داده‌های کیفیت آب مربوط‌ به 96 چاه عمیق که توسط سازمان آب منطقه‌ای استان اصفهان، در دوره‌ آماری 1395-1374 تهیه شده بود، استفاده شد. در مطالعه حاضر از پارامترهای سدیم، هدایت الکتریکی،کلرید، هیدوژن بیکربنات و نسبت جذبی سدیم (SAR) استفاده شد. طبقه‌بندی کیفیت آب زیرزمینی‌ منطقه با استفاده از شاخص کیفیت آب کشاورزی (IWQI) و بر مبنای استانداردهای FAO  صورت‌ گرفت. نتایج شاخص IWQI در محدوده‌ 40 تا80 به‌دست آمد، که به‌ترتیب محدودیت زیاد و محدودیت کم برای مصارف کشاورزی را نشان می‌دهد. به‌طوری که کیفیت آب زیرزمینی از بالادست به‌سمت پایین‌دست حوضه به‌مرور زمان کاهش یافته است. همچنین مشخص شد تغییرات شاخص کیفیت در منطقه شمالی حوضه بیشتر تحت تأثیر اقلیم منطقه بوده و در قسمت‌های میانی و شرقی حوضه، جریان آب سطحی رودخانه زاینده‌رود و تولیدات کشاورزی باعث تغییرات کیفیت آب شده است. به‌عبارتی در حوضه گاوخونی برداشت بیش از حد از آب زیرزمینی، خشکسالی و تولیدات کشاورزی فراتر از ظرفیت، باعث افت کیفیت آب زیرزمینی شده است. با کاهش برداشت آب زیرزمینی ‌و کاهش سطح کشت در مناطقی که آب مورد نیاز فقط از طریق آبخوان‌ها تأمین می‌شود، می‌توان کیفیت آب زیرزمینی را حتی در سال‌های خشک مدیریت کرد.