استفاده از جمعیت بی¬مهرگان کف¬زی از مناسب¬ترین ابزارها برای تعیین سلامت و یکپارچگی زیستی رودخانه¬ها و تأثیر فعالیت¬های انسانی بر کیفیت آنها است. با توجه به اهمیت رودخانه قلعه¬رودخان از نظر گردشگری و رشد جمعیت در حاشیه آن، از شاخص¬های زیستی برای ارزیابی وضعیت رودخانه استفاده شد. نمونه¬برداری با استفاده از سوربر سمپلر (چشمه 300 میکرون و مساحت 900 سانتی¬متر مربع) در 5 ایستگاه با 3 تکرار از اردیبهشت تا آذر 1396 انجام شد. نمونه¬ها در اتانول 96 درصد فیکس و به آزمایشگاه انتقال داده شده و شناسایی شدند. فراوانی کل، شاخص EPT، غنای EPT، درصد EPT و نسبت EPT/Chiro محاسبه شد. تعداد 5134 نمونه از 35 جنس، 30 خانواده، 10 راسته، 4 رده و 3 شاخه شناسایی شد. بالاترین غنای EPT در ایستگاه 4 در اردیبهشت¬ماه (607 عدد بر مترمربع) و پایین¬ترین آن در ایستگاه 5 در مهرماه (7 عدد بر مترمربع) مشاهده شد. حضور گونه¬های حساس به آلودگی از جمله Epeorus sp.، Rithrogena sp.، Rhyacophila sp.، Isopela sp.، Gomphus sp.، Cordulegaster sp.، Coenagrion sp.، Oligoneuriella sp.، Heptagenia sp و .Philorus sp نشانگر کیفیت مطلوب آب رودخانه است.