بهره‌گیری از رویکرد امرژی در برآورد پایداری نظام‌های گلخانه‌ای، باعث بکار بردن روش‌های مدیریتی درست جهت افزایش پایداری تولید در این نظام‌ها می‌شود. در این پژوهش، دو نظام تولید خیار و گوجه‌فرنگی در منطقه سیستان، با به‌کارگیری شاخص‌های امرژی، مورد سنجش قرار گرفت. بدین منظور 166 گلخانه خیار و 111 گلخانه گوجه¬فرنگی در سال زراعی 1400-1401 انتخاب شد. برآیند سنجش 13 شاخص، پایداری نظام تولید خیار را نسبت به نظام گوجه‌فرنگی نمایان ساخت. بیشترین و کمترین مقدار شاخص ضریب تبدیل (Transformity) در نظام‌‌های گوجه‌فرنگی و خیار، به ترتیب 103×2/77 و 103×2/00 (ام ژول خورشیدی در گرم) بود. خصوصیات فیزیولوژیکی خیار نظیر طول دوره رشد طولانی و بهره‌مندی بیشتر از انرژی‌های تجدیدشونده رایگان، تولید بیشتر و استفاده بهینه‌تر از نیروی کار، موجب پایداری بیشتر این نظام در مقایسه با گوجه فرنگی شد. در نظام تولید گوجه‌فرنگی سهم بالای منابع تجدیدناپذیر خریداری شده علت کاهش پایداری بود. جهت پایداری بیشتر در نظام‌های تولید گلخانه‌ای، لازم است که گیاهانی با ظرفیت بالاتر در استفاده از انرژی‌های رایگان محیطی را برگزید و استفاده کارآمدتر از نیروی انسانی، استفاده از سازه گلخانه با تکنولوژی‌هایی در راستای کاهش ورودی و کم کردن سهم جریان‌های ورودی تجدیدناپذیر خریداری شده را در دستور کار قرار داد.